O diagnóstico funcional é realizado pela avaliação dos anticorpos sorotipo específicos antes da, e 4 semanas após, a administração da vacina antipneumocócica não conjugada.

O diagnóstico funcional é melhor realizado após 6 meses de idade pela imaturidade do sistema imunológico e pouca reatividade aos antígenos polissacarídeos.

Deve-se evitar administração da vacina pneumocócica conjugada em pacientes com resposta insuficiente a vacina pneumocócica pura por risco de reação anafilática.

A deficiência especifica dos anticorpos anti-pneumocócicos ocorre pelo comprometimento da resposta IgM, específica aos antígenos polissacarídeos, estando a concentração de imunoglobulinas, subclasses de IgG e o número de células B normais.

A imunidade celular é a principal defesa contra os micro-organismos capsulados, tais como S. pneumoniae e H. influenzae.