A infecção crônica é definida pela presença persistente do HBsAg no soro de um indivíduo por um período de seis semanas ou mais.

A cronificação da doença ocorre em, aproximadamente, 5% a 10% dos indivíduos adultos infectados.

No caso da ocorrência de mutantes nas regiões pré-core e core basal, a expressão do HBeAg será alterada e esse marcador pode não ser detectado, entretanto, ocorrerá a soroconversão para o anti-HBe.