As amostras de escarro devem ser obtidas pela manhã, após o paciente lavar a boca com água, e devem ser avaliadas em relação à qualidade da amostra e sua representatividade das vias aéreas inferiores, antes de serem semeadas nos meios de cultura.

Em pacientes submetidos à ventilação mecânica, o uso de aspirado traqueal para cultura e identificação do patógeno é a principal metodologia recomendada.

Amostras obtidas por broncoscopia devem ser avaliadas em relação à qualidade da amostra e sua representatividade das vias aéreas inferiores.

As amostras de escarro devem ser obtidas após higiene oral com produtos de enxague bucal e semeadas imediatamente nos meios de cultura.