Em pacientes submetidos à TARV é comum o aumento de gordura mesentérica, sendo que cerca de 20% deles preenchem critério para síndrome metabólica.

Entre 10 e 15% dos pacientes apresentam distúrbios na tireoide, sendo o mais comum o hipertireoidismo subclínico.

A síndrome da lipodistrofia da AIDS caracteriza-se por aumento da gordura truncal eventualmente com giba semelhante à do paciente com síndrome de Cushing, com atrofia da gordura na face e nas nádegas.

Em pacientes mais graves, o hipogonadismo hipergonadotrófico pode acometer quase 50% dos homens.

A Síndrome de Secreção Inadequada de Hormônio Antidiurético pode acontecer na doença avançada sendo causa principal da hiponatremia.