Na etapa de descoloração, as bactérias Gramnegativas não se descoram, por isso recebem a classificação de negativas.

As bactérias Gram-positivas se coram em roxo, pois apresentam camada composta por peptideoglicanos e ácido teicoico mais espessa que as Gram-negativas.

As bactérias Gram-negativas apresentam parede celular mais espessa que as Gram-positivas.

Bactérias Gram-positivas retêm melhor o álcool cetona em sua parede celular.

A diferença entre bactérias Gram-positivas e Gram-negativas é que as Gram-positivas pertencem ao Reino Monera, que tem parede celular específica, enquanto as Gram-negativas não pertencem a esse reino.