As úlceras aftosas menores surgem, quase que exclusivamente, na mucosa não ceratinizada, e podem ser precedidas por mácula eritematosa.

As úlceras aftosas maiores podem afetar qualquer superfície oral, mas a mucosa labial, palato mole e fauces amigdalianas são as mais afetadas.

As úlceras aftosas herpetiformes apresentam menor número, assim como menor frequência de recidivas. São caracterizadas pela coalescência de úlceras individuais, geralmente em mucosa não ceratinizada.

As úlceras aftosas menores e maiores representam variação do mesmo processo, embora as aftas herpetiformes demonstrem padrão único.