O cisto perirradicular a princípio é resultado da resposta do hospedeiro à infecção, sendo depois também uma fonte de irritação.

As células proliferativas no centro de uma massa celular tridimensional sofrem apoptose e dão origem à cavidade cística. É possível que, durante a proliferação, estas células adquiram propriedades antigências fazendo com que sejam reconhecidas como estranhas.

O reparo das lesões císticas é difícil, visto que o sistema imune passa a não dispor de mecanismos para eliminar as células epiteliais em proliferação.

O cisto consiste em uma cavidade patológica que contém material fluido ou semissólido, composto principalmente por células epiteliais degeneradas.