As enxertias com garfos em fenda lateral e borbulhas, possibilitam a transmissão de vírus, viroides, fitoplasmas, espiroplasmas, protozoários de uma planta para outra. Caso ocorra o pegamento do enxerto, fica assegurada a transmissão do patógeno.

A enxertia verde ou herbácea empregada em solanáceas e cucurbitáceas para controle de patógenos de solo e de parte aérea, apresenta maiores riscos de falhas no pegamento em regiões de clima quente e seco, sendo mais recomendada para regiões de clima frio.

A enxertia, importante método de propagação de espécies frutíferas tais como cajueiro, gravioleira, laranjeira, videira e mangueira, a par da uniformidade, precocidade, produção e qualidade de frutos, apresenta como grande desvantagem a contínua transmissão de viroses dentro dessas culturas.

As principais viroses associadas a videiras são transmitidas pela prática da enxertia a partir de matrizes infectadas. Ao utilizar porta-enxertos sadios, necessário se faz a rigorosa desinfecção de instrumentos usados na enxertia antes de se retirar cada garfo, borbulha ou gema da planta doadora.

Dentre os vários aspectos de interesse e que tornam a enxertia prática usual em fruteiras, podemos citar a viabilização de cultivo de espécies ou variedades suscetíveis a problemas fitossanitários e /ou ambientais e a realização de estudos ou testes de indexação de viroses, viroides, fungos e de alguns nematoides.