Em pacientes com coledocolitíase e divertículo duodenal, o tratamento cirúrgico para a extração do cálculo biliar é preconizado uma vez que a CPRE está contra-indicada devido ao risco de perfuração do divertículo.

Em gestantes a CPRE somente deve ser realizada em casos graves de colangites. Devido aos riscos teratogênicos da radiação ao feto, as demais indicações estão proscritas.

Pacientes submetidos à gastrectomia parcial com reconstrução à Billroth I podem ser submetidos à CPRE, utilizando-se os mesmos equipamentos utilizados em pacientes não operados.

A pancreatite aguda pós-CPRE ocorre em menos de 1% dos procedimentos, porém na sua grande maioria cursa com quadros de pancreatite grave, necrose e infecção, provavelmente pela abertura da papila, levando à contaminação de todo o sistema biliopancreático.