A colheita realiza-se ao término de um ou dois ciclos vegetativos. Ao completar o desenvolvimento vegetativo, a mandioca entra em repouso fisiológico, caracterizado pela queda de folhas do ápice da rama para a base. As raízes colhidas nessa época destinam-se principalmente para a mesa. Para a produção de farinha convém colher após esse período, podendo-se, inclusive, colher após completar-se outro ciclo fisiológico.