Dentre os princípios organizativos do SUS está a centralização e comando único junto à esfera federal.

O princípio da integralidade diz que o acesso às ações e serviços deve ser garantido a todas as pessoas, independentemente de sexo, raça, ocupação ou outras características sociais ou pessoais.

Dentre os princípios do SUS está a equidade, que significa tratar desigualmente os desiguais, investindo mais onde a carência é maior.

A gestão das ações e dos serviços de saúde no SUS deve ser solidária e participativa entre os dois únicos entes da Federação: a União e os municípios.

Os três princípios do SUS incluem a igualdade, fraternidade e equidade.