O ensaio de beta-D-glucana sérica pode ser utilizado como um teste sensível para o rastreamento da pneumonia por Pneumocystis jirovecii em pacientes de risco.

O isolamento demanda o uso de meios especiais, habitualmente uma combinação de ágar de extrato de levedura e carvão tamponado seletivo e não seletivo.

Há diversos marcadores laboratoriais e biológicos para pneumonia por Pneumocystis jirovecii, incluindo a enzima conversora de angiotensina (ECA), lisozima, neopterina e o receptor solúvel de interleucina-2.

O escarro expectorado não é confiável para o estabelecimento do diagnóstico, exceto para estabelecer um diagnóstico alternativo.