A promoção de investigação pelo MP interfere na relação de equilíbrio entre acusação e defesa, na medida em que não há controle judicial dessa atividade ministerial.

As investigações conduzidas pelo MP são menos formais que as conduzidas pela polícia, o que fere o princípio da ampla defesa.

A investigação pelo MP deve ocorrer de forma subsidiária e em hipóteses específicas, como nos casos em que se verificar uma intencional omissão da polícia na apuração de determinados delitos ou se configurar o deliberado intuito da própria corporação policial de frustrar, em razão da condição do suspeito, a adequada apuração de determinadas infrações penais.

Eventuais diligências realizadas pelo MP, em procedimento preparatório por ele instaurado para investigar crimes, confundem-se com o inquérito policial.

De acordo com a CF, condiciona-se ao exclusivo impulso da polícia a investigação para a futura propositura das ações penais públicas incondicionadas, como nos delitos de formação de quadrilha, extorsão e lavagem de dinheiro, sendo nulo o inquérito policial em que o MP protagonizar várias das medidas de investigação.