Os géis utilizados como suporte podem ser separados com porosidade variável, propiciando separação das moléculas segundo seu tamanho, além de sua carga.

Os géis de poliacrilamida são utilizados para separar fragmentos de DNA maiores, com até 20Kb, enquanto os de agarose são utilizados para separar fragmentos menores, contendo até 1.000 pares de bases.

Em alguns tipos de gel, fragmentos que diferem em tamanho, por apenas 1 nucleotídeo em várias centenas, podem ser diferenciados.

Cromossomos inteiros, contendo milhões de nucleotídeos, podem ser separados em géis, aplicando campos de pulsos elétricos.