Na endometriose profunda, a dosagem sérica do CA 125 costuma estar acima de 120 U/ml.

Para o diagnóstico de endometriose profunda, é necessária a queixa clínica de dispareunia de profundidade.

As pacientes têm como queixas principais dismenorreia, dor pélvica, dispareunia e infertilidade. A intensidade dos sintomas é proporcional à extensão da doença.

A doença é considerada como profunda quando penetra mais de 5 mm no local da afecção.

Por conterem estrogênio, as pílulas combinadas com estrogênio e progesterona não devem ser utilizadas no tratamento clínico.