dois tipos de cromatografia de partição podem ser distinguidos com base nas polaridades relativas das fases móveis e estacionárias: a cromatografia em fase normal e a cromatografia em fase reversa.

o tipo mais utilizado de CLAE é a cromatografia de partição, na qual a fase estacionária é constituída por um suporte líquido, imiscível com o líquido da fase móvel.

na cromatografia de troca iônica, grupos funcionais ácidos ou básicos são adicionados à fase móvel. Os grupos mais comuns são o ácido sulfônico e as aminas quaternárias.

na cromatografia por exclusão, com recheios hidrofílicos ou hidrofóbicos, as moléculas que são menores do que o tamanho médio dos poros do recheio são as primeiras a serem eluídas.

a cromatografia de bioafinidade envolve interação eletrostática dos ligantes de afinidade que podem ser anticorpos ou inibidores enzimáticos. Somente as moléculas que se ligam seletivamente a esse ligante são retidas.