O óperon lac é controlado por regulação negativa na qual o gene lac1 sintetiza o repressor que se liga à seqüência operadora, impedindo a transcrição.

Na presença de $-galactosídeos, observa-se a conversão do repressor Lac1 a uma forma ainda mais ativa.

Um mecanismo muito importante de controle da expressão gênica em eucariontes envolve a formação de grampo no RNA, o que permite que a RNA polimerase aumente sua velocidade de síntese de proteínas.

No caso do óperon de arabinose, a ligação das proteínas AraC e CAP complexada ao cAMP a um sítio adjacente a araI bloqueia a transcrição de araB, araA e araC.

O óperon trp possui 5 enzimas capazes de transformar corismato em triptofano. Graças aos estudos com esse óperon, foi possível a identificação de um novo mecanismo de regulação da expressão gênica envolvendo a estabilidade do mRNA.