A fusão gênica da proteína fluorescente à proteína endógena permite avaliar a proteína endógena de forma mais confiável, pois seus níveis de expressão serão regulados pelos elementos naturais de regulação gênica para aquele gene.

Sistemas de expressão exógena de fusão de proteína de estudo e proteínas marcadoras fluorescentes (como os obtidos por vetores retrovirais e lentivirais) são a melhor opção para o estudo da distribuição celular das proteínas, pois estes ensaios demandam a expressão do maior nível possível da proteína a ser caracterizada.

Pode-se utilizar sinais de autoclivagem de proteínas para liberar a proteína endógena da proteína fluorescente, caso a fusão das duas modifique o padrão de localização celular da proteína de estudo.

O uso de proteínas fluorescentes fusionadas à proteína de estudo torna o ensaio mais rápido e fidedigno, pois evita processamentos posteriores (como a realização de colorações por imuno-histoquímica) que podem gerar artefatos no sistema.

A geração de células com a fusão gênica da sequência codificante de estudo e a sequência da proteína repórter normalmente deve ser realizada em um clone celular, depois validada e então aplicada em ensaios de triagem de alta vazão.