O envolvimento do sistema nervoso central na infância é pouco frequente e apenas é observado entre as crianças que apresentam complicações infecciosas.

As infecções piogênicas na criança com SIDA têm perfil bacteriológico diferente daquelas observadas no paciente imunocompetente.

A encefalopatia pelo HIV apresenta manifestações radiológicas (na ressonância magnética) típicas, traduzidas por atrofia cortical, dilatação ex-vácuo dos ventrículos laterais e atenuação da substância branca.

A carga viral liquórica não apresenta correlação clínica significativa com as manifestações.