A resistência intrínseca (ou natural) é definida como a resistência antimicrobiana devido às propriedades inerentes da espécie bacteriana, ou seja, característica apresentada por todos ou quase todos os isolados de uma espécie. Um exemplo de resistência intrínseca é a membrana externa apresentada pelas bactérias gram-negativas, que atua como uma barreira de permeabilidade e impede que os antimicrobianos atinjam seus alvos, fazendo com que espécies gram-negativas apresentem mais resistência intrínseca que espécies gram-positivas.

A resistência adquirida (ou natural) pode ser definida como a resistência apresentada por isolados de uma espécie bacteriana que, previamente, era sensível e adquire um mecanismo de resistência por mutação ou aquisição de novo material genético de uma fonte exógena (transferência horizontal de genes). Embora as mutações de DNA ocorram ao acaso, se, por alguma razão, elas representarem uma vantagem adaptativa, poderão ser transmitidas verticalmente para as células descendentes.

Na resistência adquirida, a disseminação horizontal de genes de resistência não está associada à presença de elementos genéticos móveis que incluem integrons, transposons e plasmídios.

A resistência adaptativa é definida como a resistência a um ou mais antimicrobianos induzida por uma situação no ambiente, como alterações de pH, estresse, concentrações de íons, disponibilidade de nutrientes, dentre outros. Na resistência adaptativa, não há modulações na expressão dos genes em resposta às mudanças ambientais.

A resistência adaptativa, assim como a resistência intrínseca e a adquirida, é reversível, podendo a célula bacteriana retornar ao estado original, uma vez que o fator indutor for removido.