O SAEB avalia alunos de 4.ª e 8.ª séries do ensino fundamental da rede pública e urbana de ensino. Considerando esse universo de referência, a avaliação é censitária, e assim oferece resultados de cada escola participante, das redes no âmbito dos municípios, dos estados, das regiões e do Brasil.

A Prova Brasil é uma avaliação por amostra, isso significa que nem todas as turmas e estudantes das séries avaliadas participam da prova. A amostra de turmas e escolas sorteadas para participarem dela é representativa das redes estadual, municipal e particular no âmbito do país, das regiões e dos estados.

Os resultados da Prova Brasil, em conjunto com as taxas de aprovação escolar, são a base de cálculo para o IDEB de cada estado e do Distrito Federal e, consequentemente, do Brasil.

A base metodológica das duas provas é a mesma, a diferença está na população de estudantes aos quais são aplicadas e, consequentemente, aos resultados que cada uma oferece. Ambas avaliam as mesmas disciplinas: Língua Portuguesa e Matemática.

Participam da Prova Brasil alunos de 4.ª e 8.ª séries do ensino fundamental, e também os da 3.ª série do ensino médio regular, tanto da rede pública quanto da rede privada, em área urbana e rural.