a utilização de regiões altamente conservadas do DNA humano, garantindo a amplificação de diferentes populações

a utilização de regiões que apresentem alta variação, garantindo a ligação com DNA de outras espécies e ampliando o poder resolutivo da análise.

a construção de primers grandes, com mais de 400 nucleorídeos, aumentando a eficiência da ligação, e conseqüentemente, também da amplificação.

a utilização de sequências preferencialmente ricas em G/C ou ricas em A/T , o que evita a possibilidade de surgimento de regiões de pareamento dentro do primer, e a formação de looping, que resulta em primers dímeros.

a utilização de qualquer tamanho ou seqüência, pois não há qualquer interferência destes fatores na reação.