Para não ficar reiniciando o sistema e não comprometer o Windows com a instalação do Linux, uma alternativa é o uso de máquinas virtuais. Uma máquina virtual é um hardware, ou seja, “emula” um software usando hardware.

Uma alternativa é instalar o Linux junto com o Windows. O usuário pode, neste caso, dividir seu disco rígido em 2 partições para colocar os 2 sistemas, ou então usar um disco rígido secundário para colocar cada sistema em um disco rígido separado.

Para que um computador possa acessar os arquivos de outro, o Windows utiliza o seu protocolo proprietário NFS. No Linux o suporte a esse protocolo foi implementado através do projeto Samba. Com isso, o Linux tem sido usado como alternativa de baixo custo para servidores de arquivos em rede, possibilitando a troca de arquivos pela rede entre máquinas que usam Windows e Linux.

Usuários que não desejam emular computadores ou APIs devem usar softwares multiplataforma. Um exemplo de software multiplataforma é a suíte do Microsoft Office, que pode ser usada em qualquer sistema operacional.

Um audacioso projeto de software livre chamado Wine, sigla para Wine Is Not an Emulator, desenvolveu um interpretador de executáveis do Windows que traduz as chamadas de funções de sistema para usar as funções do Linux. Como a API do Windows é aberta e pública, o Wine é capaz de interpretar todos os executáveis e emular todo o sistema com uma máquina virtual, sem nenhum problema.