Este método de desinfecção tem como principal desvantagem a formação de subprodutos indesejáveis como os THM (trihalometanos), que podem afetar o sistema nervoso central, o fígado e os rins, além de serem conhecidos compostos cancerígenos. Também não elimina biofilmes nos sistemas de tubulação e tanques que impedem o crescimento da Legionella. Esse método é chamado de