A epilepsia pode estar associada aos erros inatos do metabolismo (EIM), principalmente no caso de início precoce ou refratariedade do tratamento. Os EIM que cursam com epilepsia no período neonatal têm como etiologia a:
deficiência de creatina
deficiência de arginina
hiperglicemia não cetótica
dependência de piridoxina
lipofuscinose ceroide neuronal
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