após um período de incubação de 5 a 7 dias, ocorre a sífilis primária, caracterizada por uma lesão primária que se desenvolve no local de inoculação. A pápula hiperemiada inicial rapidamente forma um cancro ou úlcera, geralmente muito dolorida.

na sífilis secundária, o cancro geralmente cicatriza em 3 a 12 semanas, enquanto a bactéria se dissemina pela corrente sanguínea. Após 2 a 3 anos ocorrem lesões mucocutâneas generalizadas, edema dos linfonodos e, menos comumente, sintomas em outros órgãos.

sem tratamento, as lesões da sífilis secundária podem desaparecer em poucos dias ou semanas, persistir por meses ou, com o tempo, desaparecerem sem cicatrizes.

aproximadamente 80% das pessoas sem tratamento desenvolvem sífilis tardia poucos anos depois da infecção inicial, sendo que as lesões mais frequentes ocorrem no sistema nervoso.