A fundamentação para justificar a efetividade de algumas manobras da fisioterapia respiratória baseia-se na suposição de que esta é capaz de promover a clearance do muco da via aérea em função do aumento no mecanismo de transporte.

Uma hipótese que fundamenta a fisioterapia respiratória seria a alteração na propriedade viscoelástica do muco propiciada pelas técnicas de remoção de secreção.

O muco é um fluido bifásico composto por uma fase aquosa sol (inferior) e uma fase gel (superior). A camada sol banha os cílios que se projetam da superfície epitelial e penetram na camada gel.

O muco apresenta característica de um material semi-sólido viscoelástico, pois quando uma força é aplicada, ele se comporta, simultaneamente, como líquido e como sólido.