Antes do procedimento da microtomia, é importante colocar os blocos de parafina em estufa a 60ºC

Para a realização da microtomia, o bloco precisa estar resfriado e fixo no micrótomo para obter uma fatia fina do material

Os cortes obtidos devem ser levados com o auxílio de uma pinça ao banho-maria à temperatura aproximada de 40 a 50ºC para que as fitas de parafina se distendam sobre a água, evitando a formação de dobras no tecido

Os cortes são pescados com lâminas previamente limpas e identificadas, que serão encaminhadas à estufa à 60ºC por um período mínimo de 2 horas

O aparelho utilizado na microtomia denominase de micrótomo rotativo e se utiliza de uma navalha para executar os cortes, que podem ser de diversas espessuras