O caráter de produção de pesquisa e de formação dessas instituições secundarizou os investimentos e preocupações com curadoria e gestão dos acervos.

A formação de acervos sempre foi muito enfraquecida pela escassez das pesquisas acadêmicas nos diversos campos que os museus congregam.

A condição dos museus nos corpos administrativos das universidades lhes trouxe dificuldades de gestão e de consolidação dos seus setores de museologia, pois muitos acervos mantêm vínculos fortes com os departamentos e programas de ensino em torno dos quais se articulam as pesquisas.

A forte vinculação às pesquisas e à formação dos discentes gerou um enfraquecimento da perspectiva museológica na formação das identidades dos museus universitários.