As amostras coletadas podem ser maiores do que aquelas para análise ao MET.

O tetróxido de ósmio e o aldeído glutárico são usados, sequencialmente, na fixação e na pós-fixação das amostras.

O tempo de fixação e a concentração da solução fixadora são cinco vezes maiores para amostras a serem analisadas ao MEV do que para aquelas destinadas ao MET, devido ao tamanho das mesmas.

O método de fixação mais comumente utilizado para as amostras biológicas é o da criofratura.