É constituído por 3 fases.

A fase 1, denominada Adesão e Contratualização destina-se a todos os CEO habilitados, dos Tipo, I e II.

A adesão feita na fase 1 deve ser informada exclusivamente ao Conselho Municipal de Saúde para sua efetivação.

A fase 2 do PMAQ-CEO é denominada Desenvolvimento e caracteriza-se pela autoavaliação, a ser feita pela equipe do CEO a partir de instrumentos ofertados pelo PMAQ-CEO ou outros definidos e pactuados pelo Município, Estado ou Distrito Federal.

A Fase 3 do (PMAQ-CEO) é denominada Recontratualização e inclui o monitoramento de indicadores de saúde realizado pelo Ministério da Saúde.