Para a identificação de microrganismos patogênicos, a cultura feita a partir das fezes é um exame útil. Entre os cuidados para a coleta, recomenda-se utilizar frascos estéreis, descartáveis, não reutilizados.

Em doenças diarreicas em que se investiga a presença de Salmonella e Shigella, a amostra das fezes deve ser colhida e semeada rapidamente. Não podendo a amostra ser prontamente semeada, recomenda-se colocá-la