Os resíduos químico e infectante recebem tratamento diferenciado, sendo descartados em salas comuns. Resíduos infectantes (objetos que causem cortes ou perfurações ou materiais com sangue, vômito e secreções) de cada setor são descartados, nas salas de expurgo, em caixas coletoras comuns a qualquer resíduo.

A prestação deficiente dos serviços de coleta de resíduos causa danos à saúde pública, com riscos de contaminação à população, a profissionais de saúde e ao meio ambiente. Além disso, o mau uso dos recursos públicos e a ocorrência de fraudes causam impacto negativo no atingimento dos objetivos das políticas públicas de governo.

O resíduo químico é composto por medicamentos oncológicos, antibióticos e medicamentos da farmácia ambulatorial. O descarte desses materiais não necessita de registro em documento para envio à empresa que os recolhe do hospital.

O descarte dos resíduos hospitalares deve ser feito de qualquer maneira, considerando-se que a quantidade de bactérias e vírus (resíduos infectantes) é insignificante para à contaminação do lençol freático e do solo.

As regras nacionais a respeito de acondicionamento e tratamento dos resíduos hospitalares promovem danos ao meio ambiente, como a contaminação do solo e das águas subterrâneas e superficiais, e previnem acidentes que atinjam profissionais que trabalham diretamente nos processos de coleta, armazenamento, transporte, tratamento e destinação desses resíduos.