O pré-registro, o registro, a manutenção em cadastro e os respectivos cancelamentos serão efetuados pela Capitania dos Portos.

Para efetivação do Registro Especial Brasileiro, se a embarcação for brasileira, o interessado deve providenciar a inscrição no Tribunal Marítimo.

As Capitanias e Delegacias, após receberem solicitação formal do interessado para a Inscrição no Registro Especial Brasileiro, deverão emitir a Certidão Provisória de Embarcação para o Registro Especial Brasileiro.

O registro no Registro Especial Brasileiro depende da inexistência de débitos do proprietário ou afretador da embarcação brasileira, ou da afretadora de embarcação estrangeira com o setor público federal.

O registro no Tribunal Marítimo de embarcações estrangeiras afretadas a casco nu, com suspensão provisória de bandeira, no Registro Especial Brasileiro, está condicionada à autorização da Autoridade Marítima.