Há uma divisão clara de conceitos de macroambiente e microambiente, embora se considere que os dois ambientes possam estar ligados através da ventilação, de acordo com a influência do desenho dos dois recintos (primário e secundário).

Parâmetros como espécie, linhagem, comportamento social, objetivos do projeto, delineamento experimental, período de contenção e grau de invasão dos procedimentos realizados são considerados condições importantes no planejamento de um biotério.

Há recomendação de espaço de alojamento que correlaciona o peso dos animais com a área de piso e altura, devendo haver espaço suficiente para expressar o comportamento normal da espécie, fácil acesso à água e comida e área suficiente com cama limpa.

Os fatores que contribuem para a variação na temperatura e na umidade referem-se ao material e à construção do alojamento, ao uso de tampas com filtro nas gaiolas, ao número de animais por gaiola, à ventilação forçada dos recintos, à frequência de troca da cama e ao tipo de cama.

No sistema HVAC, estão contempladas as características de luminosidade (que pode interferir na fisiologia, morfologia e comportamento de vários animais), bem como o ruído (intensidade, frequência, duração, rapidez com que o ruído é iniciado) e a ventilação (número de trocas de ar, diferenciais de pressão).