Trichomonas vaginalis é uma célula como morfologia bem definida, apresentando uma forma elipsoide no hospedeiro natural e oval em meios de cultura. Em preparações fixadas e coradas, ele é tipicamente elipsoide, piriforme ou oval, medindo, em média, 9,7 μm de comprimento por 7 μm de largura. Os organismos vivos são um terço maiores.

Como todos os tricomonadídeos, não apresenta a forma cística, somente a trofozoítica. A forma é variável, tanto nas preparações a fresco como nas coradas. As condições físico-químicas (por exemplo, pH, temperatura, tensão de oxigênio e força iônica) afetam o aspecto dos tricomonas.

A morfologia dos tricomonas tende a se tornar uniforme entre os flagelados que crescem nos meios de cultura do que entre aqueles observados na secreção vaginal e na urina.

Esta espécie apresenta quatro flagelos anteriores livres, desiguais em tamanho e se originam no complexo granular basal anterior, também chamado de complexo citossomal.