De acordo com a jurisprudência pacífica do STJ, a sentença prolatada por juiz absolutamente incompetente não pode tornar definitiva a absolvição do acusado, ainda que a anulação ocorra por recurso exclusivo da defesa, mediante a imposição de limites à fixação da pena a ser definida em novo julgamento pela autoridade judiciária competente.

Segundo a jurisprudência do STJ, a sentença homologatória da transação penal possui eficácia de coisa julgada formal e material, o que a torna definitiva, motivo pelo qual não é possível posterior instauração da ação penal, não obstante o descumprimento do acordo homologado ou o não preenchimento das condições necessárias à benesse.

De acordo com jurisprudência firmada no STJ, somente repercutem na esfera administrativa as sentenças penais absolutórias que atestem a comprovação da inexistência dos fatos, da negativa de autoria, que reconheçam a prescrição ou que o fato tenha sido praticado sob excludente de ilicitude.

Encerrada a instrução, se entender cabível nova definição jurídica do fato, em consequência de prova de elemento ou circunstância da infração penal não contida na acusação, o MP deverá aditar a denúncia ou queixa, no prazo de cinco dias. Tal previsão legal refere-se ao instituto da mutatio libelli, aplicável a qualquer espécie de ação penal.

Haverá violação da soberania do júri popular, por anulação, pelo tribunal, da decisão absolutória do conselho de sentença alicerçada unicamente na negativa de autoria sustentada pelo réu, ainda que tal argumento não encontre respaldo nos elementos de prova e seja manifestamente contrário ao conjunto fático-probatório.