Durante a fase de blástula ocorre uma invaginação das células periféricas do embrião que origina o arquêntero, cuja abertura é denominada blastóporo. O blastóporo tem grande importância taxonômica, classificando os animais em protostomados, quando origina o ânus, ou deuterostomados, quando origina a boca.

O desenvolvimento embrionário divide-se em três etapas: segmentação, caracterizada pelo intenso número de divisões mitóticas (clivagens); gastrulação, caracterizada pela formação dos folhetos germinativos (endoderme, mesoderme e ectoderme) e organogênese, etapa em que os folhetos germinativos se diferenciam, originando os órgãos.

Da endoderme originam-se os sistemas digestório, respiratório, circulatório e linfático. A derme, os ossos, os músculos, as cartilagens e o sistema reprodutivo originam-se da mesoderme. Já a ectoderme origina a epiderme e o sistema nervoso.

A maioria dos animais são triblásticos. Porém, em alguns táxons não se forma a mesoderme, e, portanto, esses animais apresentam apenas endoderme e ectoderme, possuindo apenas dois folhetos germinativos. Esses animais são conhecidos como diblásticos e são representados pelos equinodermos.