A utilização do sistema de criptografia de chave pública para a assinatura digital implica uma autenticação de mão dupla (bidirecional) no envio de uma mensagem assinada.

Quando são enviadas mensagens assinadas, o conteúdo da mensagem deve ser criptografado para garantir sua integridade.

O S/MIME utiliza um sistema de criptografia de chaves assimétricas para garantir a integridade e utiliza, em parte, criptografia de chave simétrica para garantir a confidencialidade.

Para todos os tipos de mensagens S/MIME assinadas, mesmo que não cifradas, o conteúdo da mensagem não é acessível se o destinatário não possuir agente de usuário com capacidade de processamento S/MIME.