A desnutrição primária materna é contraindicação absoluta à amamentação, em qualquer de suas formas, pois, além de haver diminuição da quantidade de gorduras no leite, há diminuição considerável de outros nutrientes.

Como o risco de transmissão pelo leite materno do herpes vírus 1 e 2 é muito alto, a mãe infectada sempre deve suspender imediatamente a amamentação, mesmo na ausência de lesões herpéticas nas mamas.

A nutriz com infecção pelo vírus da caxumba deve imediatamente suspender a amamentação e ser isolada do bebê, principalmente quando menores de um ano de vida, fase em que a doença costuma ser mais grave.

A transmissão da rubéola tem maior probabilidade de ocorrer por outras vias que não o aleitamento materno, de maneira que, embora haja transmissão do vírus pelo leite materno, a amamentação pode ser mantida.

O vírus linfotrópico de célula T humano tipos 1 e 2 é transmitido apenas por via sexual e sanguínea, de modo que mães infectadas tanto pelo sorotipo 1 como pelo 2 têm indicação à amamentação, devendo essa ser mantida.