As plantas devem ser coletadas em sua fase reprodutiva, ou seja, com flores e/ou frutos e soros, por exemplo, pois essas estruturas são essenciais para a identificação das plantas.

As amostras coletadas devem corresponder, no máximo, ao tamanho de uma folha de jornal dobrada (42 cm x 29 cm).

Os basidiomas, os ascomas e outras estruturas reprodutivas dos fungos devem ser coletados em diferentes estágios de desenvolvimento, pois todos os estágios serão analisados microscopicamente.

A coleta não deve ser feita em dias chuvosos e não se deve coletar plantas terrestres molhadas, pois essas facilitam a formação de mofo.

A coleta, sempre que possível, deve ser feita em cinco duplicatas: uma para o herbário do coletor, uma para o herbário do especialista e as demais para serem utilizadas no processo de intercâmbio com outros herbários.