O ozônio é outra substância que vem sendo comumente empregado com grande margem de segurança pela agroindústria como desinfetante.

A lavagem é comumente realizada em câmara isolada, com número limitado de entradas, para se evitar ao máximo o contato manual com o produto.

A água envolvida nesse processo deve ser refrigerada a 4°C, com o objetivo de retirar o calor irradiado pelos produtos.

O peróxido de hidrogênio atua na descontaminação bacteriana de frutas, como a Escherichia coli, e possui as vantagens de promover o decréscimo da população microbiana, de forma a possibilitar o aumento considerável da vida útil dos produtos, e, por conseguinte, preservar sua qualidade, tendo como única desvantagem não conseguir combater a rigidez da parede celular de frutas e hortaliças.

O peróxido de hidrogênio, agente antimicrobiano, apresenta resultados satisfatórios na desinfecção superficial dos tecidos injuriados mecanicamente, nas etapas de descascamento e redução de tamanho dos produtos.