O esqueleto calcário de alguns organismos marinhos tende a afundar quando estes morrem, podendo liberar ou remover o dióxido de carbono no mar caso haja, respectivamente, dissolução ou enterramento deste esqueleto no sedimento.

Processos de respiração, mineralização, dissolução de carbonato de cálcio e absorção de dióxido de carbono da atmosfera contribuem para a entrada deste elemento nos oceanos.

Algumas espécies do plâncton, bentos e nécton utilizam carbonato de cálcio na constituição de seus corpos, tendo um papel importante no ciclo do carbono.

A reação do dióxido de carbono e água formam íons de bicarbonato ou de carbonato, que são utilizados por alguns organismos para a produção de calcita ou aragonita.