A profilaxia para infecção por citomegalovírus deve ser iniciada sem demora devido ao risco de retinopatia.

O início de agentes antimicrobianos profiláticos é a estratégia mais importante para a prevenção a longo prazo de infecções oportunistas.

A profilaxia para infecções por Toxoplasma gondii deve ser iniciada apenas se a contagem de LT - CD4 cair abaixo de 50 céls/mm³ .

Após a reintrodução da TARV, a profilaxia para infecção por Pneumocistis jirovecii pode ser suspensa quando a contagem de LT - CD4 for > 200 céls/mm³ por mais de três meses.

Após a reintrodução da TARV, a profilaxia para infecção por complexo Mycobacterium avium pode ser suspensa quando a contagem de LT - CD4 for > 200 céls/mm³ por mais de três meses.