A patogênese da halitose intra-oral está associada à degradação bacteriana de aminoácidos contendo enxofre em compostos sulfurados voláteis do qual o metilmercaptano e o sulfeto de hidrogênio são os principais componentes.

A halitose intra-oral pode ser indicativa de algumas doenças orais, como doenças periodontais, ou da presença de excessivos depósitos bacterianos sobre a língua.

Aproximadamente 10% dos casos de halitose são causados por problemas intra-orais como periodontite crônica, cárie, alveolite, xerostomia, saburra lingual.

Indivíduos que sofrem de halitose intra-oral têm um acúmulo bacteriano significantemente maior sobre o dorso da língua comparados com pessoas sem halitose intra-oral.

O mau hálito matinal é um exemplo comum de halitose temporária, sendo atribuído a causas fisiológicas, como fluxo salivar reduzido durante o sono.