A responsabilidade do financiamento da APS no Brasil é do Ministério da Saúde - MS. Os municípios são obrigados apenas a contratar os profissionais para comporem as equipes e os estados devem, exclusivamente, fiscalizar os serviços e monitorar indicadores.

Compete às Secretarias Estaduais de Saúde a atualização constante do Cadastro Nacional de Saúde – CNES, a partir das informações enviadas pelos municípios trimestralmente.

A proposta de apoio institucional no âmbito municipal visa a fiscalização do correto exercício das práticas profissionais. Com base nos relatórios mensais do apoio institucional, o MS poderá suspender recursos financeiros.

Um dos motivos para suspensão do financiamento federal da Atenção Básica é a não alimentação regular do Sistema de Informação SISAB por parte das gestões municipais.