As doenças nutricionais são caracterizadas como não infecciosas; são causadas pela deficiência de nutrientes ou pela presença de fatores antinutricionais ou toxinas que se desenvolvem devido ao armazenamento incorreto da ração.

A presença de pássaros e larvas de insetos auxiliam a manutenção do pH da água para os peixes, pois pH ácido para o meio de cultivo reduz parasitas e doenças. As modificações bruscas no pH da água geram alterações na coloração dos peixes, que consistem em fator ambiental, favorável à produção de peixes ornamentais.

As neoplasias são caracterizadas pela formação alterada das células. Elas não são letais aos peixes, e algumas espécies de peixes, com a tilápia, pacu e tambaqui podem ser comercializados. Peixes de idade mais avançada apresentam maior probabilidade de desenvolver tumores; entretanto, espécies novas de água doce apresentam propensão a desenvolver as alterações.

O habitat dos peixes pode variar durante todo o dia sem comprometimento, desde que em curto espaço de tempo para não afetar a produção. No meio aquático mudanças súbitas na temperatura não causam o aparecimento de doenças infecciosas, atingindo o sistema imunológico dos peixes, pois a variação da qualidade da água não é brusca sendo um dos pontos mais importantes a serem observados diariamente pelo piscicultor.