Na esfera municipal, os recursos financeiros são originários do Orçamento da Seguridade Social.

Os recursos financeiros do SUS serão depositados em conta especial, em cada esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização dos respectivos Conselhos de Saúde.

O Ministério da Saúde acompanhará, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados apenas aos municípios.

As autoridades responsáveis pela distribuição da receita efetivamente arrecadada devem transferir os recursos financeiros automaticamente aos Fundo Municipais de Saúde.

O estabelecimento de valores a serem transferidos para os municípios será realizado apenas pela análise técnica do perfil epidemiológico da população a ser coberta.