O armazenamento do ácido perclórico puro deve ser realizado em local arejado e à temperatura ambiente.

Soluções com ácido perclórico apresentam alta estabilidade térmica, o que permite serem aquecidas para melhorar a sua reatividade.

Soluções com ácido perclórico apresentam alta instabilidade química, devendo ser evitado o seu contato com água e outros solventes orgânicos.

Soluções com ácido perclórico devem ser cuidadosamente manipuladas para evitar a formação de percloratos que são potencialmente explosivos.

Ao reagir com metais e ligas, as soluções contendo ácido perclórico produzem a evolução de ácido clorídrico, devendo ser realizada em capela com sistema de exaustão.