Enzimas e toxinas produzidas por patógenos podem levar a morte de sementes de espécies florestais antes do início do processo de germinação, durante o processo de germinação ou após a emergência da plântula

O bloqueio de transporte de água e nutrientes são consequências da presença de patógenos e resultam em baixo desenvolvimento e deficiências nutricionais em espécies florestais

O tombamento de mudas é causado pelos fungos Cilindrocladium sp. e Fusarium spp. ou pela bactéria Rhizoctonia solani em plântulas recém emergidas

Durante o período de armazenamento de sementes alguns fungos podem causar a colonização do embrião, descoloração e apodrecimento, o que reflete diretamente na viabilidade das sementes

Os principais fungos de armazenamento são os dos gêneros Aspergillus e Penicillium, adaptados a ambientes com umidade relativa do ar alta (65 a 90%)